一起食物中毒事件中分离的阿邦尼沙门氏菌基因组信息

作者：谢楠^*; 包小兵

来源：现代疾病预防控制, 2023, 34(11): 864-869.

DOI：10.13515/j.cnki.hnjpm.1006-8414.2023.11.014

• 阿邦尼沙门氏菌
• 全基因组测序
• 生物信息学

目的 分析一起食物中毒事件中分离的阿邦尼沙门氏菌的基因组信息，预测其致病机制和耐药机制。方法 对此次食物中毒事件中分离得到的阿邦尼沙门氏菌（Y202107）做全基因组测序，下机数据经过预处理后得到Clean Data，使用SOAP denovo (version 2.04),SPAdes,ABySS组装软件进行组装，并最终使用CISA软件进行整合，采用gapclose软件对初步组装结果进行优化和补洞，从最终的组装结果得到细菌完成图，与GO、KEGG、CAzy、CARD、VFDB数据库进行对比。结果 Y202107基因组大小为4 647 556 bp,预测共含4 435个基因, GC含量为53.32%。通过注释GO数据库，共比对到相关基因3 164个，分为3大类；通过对比KEGG数据库，共得到相关基因3 183个，参与24类代谢途径；通过对比CAZy数据库，共得到相关基因180个，分成6大类；通过对比CARD、VFDB数据库，得到4类耐药相关基因及沙门氏菌毒力岛SPI-1、SPI-2、SPI-3、SPI-4、SPI-5、SPI-6相关的致病性相关基因。结论 阿邦尼沙门氏菌的代谢过程共分为6大类，24小类；应重点关注因产生钝化酶而产生的耐药机制；与致病性最为相关的毒力因子是毒力岛。丰富了阿邦尼沙门氏菌基因组的数据库，为沙门氏菌病的疫苗研究提供的了基因层面的基础。

• 单位
  安阳市疾病预防控制中心