子结构检索中关系数据库插件的使用和效率

作者：王玉玲; 吴昊; 温浩

来源：计算机与应用化学, 2011, (11): 1419-1423.

DOI：10.16866/j.com.app.chem2011.11.013

• 分子结构数据库子结构检索
• 关系数据库插件
• 预筛选 molecular structure database
• substructure searching
• relational database cartridges
• pre-screening

采用关系数据库插件能够实现化合物描述符(FingerPrint)的生成、建立索引和化合物的子结构检索。本文以PubChem有机化合物Molfile为数据源,在Oracle关系数据库上分别安装插件OrChem(JAVA)和Bingo(C~(++))构建了化合物分子结构数据库。本文从FingerPrint的构成和索引策略两方面讨论了OrChem和Bingo的主要差异,并选取10个特征化合物进行子结构检索测试。对存储40万种化合物的分子结构数据库的测试结果显示,OrChem可满足用户检索响应,Bingo则更为快捷。对于存储2600万种化合物的分子结构数据库,针对Bingo通过优化Oracle数据库内...

• 单位
  中国科学院过程工程研究所; 多相复杂系统国家重点实验室; 中国科学院研究生院