A_1腺苷受体的同源模建及其结构验证

作者：柯艳蓉; 金宏威; 刘振明; 张亮仁

来源：Acta Physico - Chimica Sinica, 2010, 26(10): 2833-2839.

• 分子动力学模拟
• A1腺苷受体
• 同源模建
• GOLD
• 虚拟筛选

采用同源模建的方法构建了A1腺苷受体的三维结构,并与拮抗剂分子DPCPX对接,将得到的复合物结构进行5 ns的分子动力学模拟,以最后2 ns的平均结构和平衡后抽取的11帧构象共12个蛋白结构为研究对象,用包含52个活性分子和1000个诱饵分子的测试库,分别通过DOCK、VINA和GOLD三种对接软件进行评价,最终得出合理的蛋白质模型.根据top10%的富集因子(EF)和ROC曲线下面积(AU-ROC)的计算结果,我们认为GOLD是最适合A1腺苷受体的对接软件,而12个蛋白质结构中F5和Favg的三维结构模型比较合理,可以作为进一步大规模虚拟筛选的模型.

• 单位
  天然药物与仿生药物国家重点实验室