食管鳞癌和腺癌转录组差异基因综合分析

作者:李雨濛; 马佳康; 任凯凯; 李南; 王健; 孙金旗; 张亚丽; 马军*
来源:医学研究生学报, 2019, 32(07): 715-719.
DOI:10.16571/j.cnki.1008-8199.2019.07.009

摘要

目的食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确。文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性。方法下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管鳞癌和腺癌相关的竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对重要miRNA进行靶基因预测及GO、KEGG分析,利用生存分析显示食管鳞癌和腺癌共有差异基因。结果 ceRNA网络显示:PVT1、LINC00524、miR-204、miR-383、HOXC8、NTRK2等在食管鳞癌和腺癌中均起重要调控作用。miR-204-5p经miRWalk共预测到13227个调控靶基因,在targetscan, miRDB数据库共筛选出232个靶基因。GO功能分析显示38个富集,主要参与细胞-基质粘附的调节、细胞膜投射形态发生、β-连环蛋白结合等过程。KEGG分析显示4个相关通路:Hedgehog信号通路、寿命调节通路、雌激素信号通路、松弛素信号通路。生存分析结果显示,食管鳞癌中与患者生存相关的差异lncRNA包括LINC00261、MLIP-IT1、LINC00504,差异miRNA包括hsa-mir-338,未发现与生存相关的mRNA。食管腺癌中与生存相关的差异lncRNA包括CYP1B1-AS1、HOTAIR,差异mRNA包括IL11、NTRK2、ANGPT2、PBK。食管鳞癌和腺癌共有的差异lncRNA上调占15.4%(150个),下调占26.8%(158个);miRNA上调占24.2%(22个),下调占27.6%(8个);mRNA上调占20.5%(234个),下调占23.7%(418个)。结论食管鳞癌和腺癌存在明显的分子差异,lncRNA、miRNA及mRNA有望为食管癌的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。

  • 单位
    消化疾病研究所; 郑州大学第二附属医院

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