多方法组合调查新疆阿勒泰地区6种常见鼠传致病菌流行状况

作者：李瑞晓; 陈燕芳; 穆龙; 徐爱玲; 刘蓬勃; 王君; 马伟^*; 栗冬梅^*

来源：微生物学通报, 2023, 50(09): 4109-4124.

DOI：10.13344/j.microbiol.china.221215

• 啮齿动物
• 鼠传致病菌
• 定量聚合酶链式反应
• 16S rRNA基因测序
• Illumina测序
• Nanopore测序

【背景】鼠传疾病是对人类危害较大的一种人兽共患病，全球化使得鼠传疾病流行区域不断扩大，出现了多种新发鼠传疾病的发生及旧传染病的复燃。【目的】调查新疆阿勒泰地区常见的鼠传致病菌在啮齿动物中的流行状况，为当地自然疫源性疾病防控提供科学依据。【方法】采用夹夜法捕获啮齿动物，无菌收集其脾脏和肾脏组织，提取基因组DNA。应用TaqMan探针法的荧光定量聚合酶链式反应(quantitative polymerase chain reaction, qPCR)检测巴尔通体(Bartonella spp.)、问号钩端螺旋体(Leptospirainterrogans)、恙虫病东方体(Orientiatsutsugamushi)、莫氏立克次体(Rickettsia mooseri)、嗜吞噬细胞无形体(Anaplasma phagocytophilum)和土拉弗朗西斯菌(Francisella tularensis)6种常见的鼠传致病菌。采用16SrRNA基因的通用引物进行常规PCR扩增后，应用Illumina测序和Nanopore测序进一步检测致病菌，同时对脾脏组织进行巴尔通体体外分离培养。比较qPCR、16SrRNA基因测序和分离培养的结果。【结果】共捕获啮齿动物8种66只，其中，乌拉尔姬鼠(Apodemus uralensis) 31只，占捕获总数的46.97%，其余为褐家鼠(Rattus norvegicus)、小家鼠(Mus musculus)等。qPCR检测常见的鼠传致病菌感染率为巴尔通体31.80%(21/66)、问号钩端螺旋体1.50%(1/66)、恙虫病东方体1.50%(2/66)、莫氏立克次体3.00%(1/66)和土拉弗朗西斯菌13.60%(9/66)，未检出嗜吞噬细胞无形体。16S rRNA基因Illumina测序分析通过质控的23份样品检测出致病菌，以巴尔通体为主；16S rRNA基因Nanopore测序分析通过质控的11份样品检测出巴尔通体，其他5种常见的鼠传致病菌未检出。有11份脾脏组织分离培养出巴尔通体，感染率为16.67%(11/66)。【结论】新疆阿勒泰地区的啮齿动物可携带巴尔通体等多种鼠传致病菌，应关注并加强该地区相关传染病的防治工作。qPCR、细菌分离培养、16SrRNA基因测序3种检测方法可互相补充，更全面地了解当地啮齿动物携带致病菌的状况。

• 单位
  新疆生产建设兵团; 传染病预防控制国家重点实验室; 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所; 公共卫生学院; 山东大学