细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2A基因拷贝数变异及其与胰腺癌患者预后的关系

作者：陈思澈; 党胜春^*

来源：中国普通外科杂志, 2018, 27(09): 1135-1141.

• 胰腺肿瘤
• 细胞周期蛋白依赖激酶2
• DNA拷贝数变异
• 预后

目的:探讨细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2A(CDKN2A)基因在胰腺癌中的拷贝数变异(CNV)情况及其与胰腺癌患者预后的关系。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库CNV与RNA Seq V2数据分析CDKN2A基因CNV与其mRNA表达水平的相关性,以及CDKN2A基因CNV对其他基因表达的影响。通过比对TCGA数据库及GTEx数据库比较CDKN2A基因在正常人与胰腺癌患者的表达差异,并分析CDKN2A基因CNV与胰腺癌患者预后的关系。应用DIVAD中基因本体分析(GO分析)联合KEGG对CDKN2A和其相关共表达基因进行功能基因富集分析。结果:通过对TCGA数据库挖掘发现,CDKN2A基因CNV与其mRNA表达呈正相关(Pearson:r=0.102,Spearman:r=0.257)。CDKN2A基因CNV胰腺癌中HOXC6、SLC2A1 mRNA表达水平明显升高,GGA2、MTAP mRNA表达水平明显降低(均P<0.05)。相关性研究发现,CDKN2A基因与MTAP mRNA呈明显正相关(Pearson:r=0.42,Spearman:r=0.55)。通过对GTEx数据库分析,发现CDKN2A基因在胰腺癌组织中表达明显高于正常胰腺组织(P<0.05)。携带CDKN2A基因CNV的胰腺癌患者总生存率与无瘤生存率均明显低于不携带该基因CNV的胰腺癌患者(均P<0.05)。通过对包括CDKN2A相关共表达基因功能富集分析发现,这些共表达基因的功能主要集中于细胞周期的信号通路。结论:CDKN2A基因CNV在胰腺癌中是一种不良预后因素,可作为预测胰腺癌预后的指标。

• 单位
  江苏大学附属医院