基于Java的基因本体工具包

作者：张国庆; 骆清铭; 鲁强; 李亦学

来源：高技术通讯, 2006, (7): 735-739.

DOI：10.3321/j.issn:1002-0470.2006.07.015

• 基因本体
• 解析器
• 图模型
• 语义相似性

针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析.

• 单位
  华中科技大学; 上海生物信息技术研究中心