基于生物信息学分析筛选三阴性乳腺癌相关的预后标志物

作者：杨丽洁; 杨铁成; 石丽稳; 王华桥; **雯; 李炫飞; 谢伟^*

来源：中华实验外科杂志, 2020, 37(08).

• 三阴性乳腺癌
• 差异表达基因
• 生物标志物
• 预后

目的分析三阴性乳腺癌(TNBC)与非三阴性乳腺癌(non-TNBC)的基因表达谱, 寻找可能参与TNBC发生发展的差异表达基因(DEGs)。方法从GEO数据库下载4个mRNA芯片数据集进行分析, 获得基因表达谱。通过STRING和Cytoscape构建了DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络, 并筛选出核心基因。京东基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)用于功能富集分析。使用UCSC、Oncomine和Kaplan-Meier在线网站来分析核心基因的表达和生存水平。结果在TNBC和non-TNBC中共识别出287个DEGs和10个核心基因。Kaplan-Meier生存曲线显示, TNBC患者表皮生长因子受体(EGFR)高表达或ESR1、胰岛素样生长因子(IGF)-1低表达与更差预后相关。Non-TNBC患者的预后特征与TNBC患者差异有统计学意义(P<0.05)。结论 ESR1、EGFR和IGF-1可能导致TNBC的不良预后与复发。

• 单位
  武汉大学中南医院