在船舶抵押登记过程中需要申请人提交船舶抵押合同及其主合同。当船舶抵押合同作为反担保合同存在时往往涉及多方法律关系,当前对此时主合同的认定看法并不统一。文中从主从合同法律关系、反担保的特点以及船舶抵押担保的对象等方面论证船舶抵押合同作为反担保合同情况下主合同的认定问题,最后提出相关建议。