HCC关键基因的筛选及其对患者生存预后的临床意义

作者：闫莉莉; 陆进^*

来源：牡丹江医学院学报, 2021, 42(04): 29-34.

DOI：10.13799/j.cnki.mdjyxyxb.2021.04.009

• HBV
• HCC
• 肿瘤
• 基因
• 生存预后

目的分析肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)的关键基因,为HCC临床早期诊断、治疗和判断总体生存预后提供依据。方法从GEO数据库下载HCC相关的GSE121248芯片数据,利用GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因(Differential Expression Genes, DEGs),并对筛选的DEGs进行GO(Gene Ontology, GO)功能注释和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Gene and Genome, KEGG)通路富集分析;利用String数据库和Cytoscape软件Hubba插件的MCC算法对DEGs进行PPI(Protein-protein interaction, PPI)网络绘制和Hub基因筛选;利用Kaplan-Meier Plotter、GEPIA和cBioPortal等数据库对关键基因进行总体生存、基因表达量、基因突变和共表达关系分析。结果分析后共得到186个DEGs,其中表达上调38个,表达下调148个;其GO功能主要富集在小分子分解代谢过程、核苷酸代谢过程、糖胺聚糖结合、有丝分裂细胞周期G2/M转换的正调节等;而KEGG主要富集在P53信号通路、癌症中的蛋白多糖等通路上;通过对DEGs进行PPI网络绘制,筛选出10个排名并列第一的Hub基因,包括DTL、HMMR、TOP2A、CCNB1、CDK1、ECT2、BUB1B、NEK2、CDKN3和RACGAP1。Hub基因在HCC癌组织中存在共表达关系,且均高表达,同时也发生一定的突变,其突变显著缩短HCC患者的无病生存时间。结论通过生物信息学分析筛选出HCC预后的Hub基因,为其治疗和药物靶点的选择提供依据。

• 单位
  解剖学教研室; 蚌埠医学院