类风湿关节炎滑膜巨噬细胞基因芯片分析

作者：童也; 武振方; 王宇翔; 徐海栋^*

来源：江苏大学学报(医学版), 2019, 29(05): 379-385.

DOI：10.13312/j.issn.1671-7783.y190106

• 类风湿关节炎
• 巨噬细胞
• 生物信息学
• GEO数据库
• 基因芯片

目的:寻找并分析类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的关键基因,从而更好地理解RA的潜在发病机制。方法:采用表达谱的综合分析方法鉴定RA滑膜液巨噬细胞中差异表达基因(differential expression genes,DEGs)。利用功能注释、蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络构建以及寻找核心基因,探讨DEGs在RA中的潜在生物学作用。在GSE17755数据集中对鉴定的DEGs在RA外周血中的mRNA表达水平进行验证。结果:与对照组相比,RA患者滑膜液巨噬细胞中共找出489个DEGs,其中上调基因359个,下调基因130个。DEGs在炎症反应调节、趋化因子受体结合、肿瘤坏死因子信号通路等方面均有较显著的富集。STAT1、CXCL10、FPR2、ITGAM、PPBP、IRF7、CCL5、OASL、OAS3、IRF1是DEGs的PPI网络中的核心基因。在GSE17755数据集中检测除FPR2之外的9个核心基因的mRNA表达情况,结果表明,与正常人相比,RA患者外周血细胞中STAT1、PPBP、OASL的表达水平明显上调,ITGAM、IRF7、CCL5、IRF1有下调的趋势。结论:STAT1与OASL等基因在RA疾病中可能发挥重要作用。

• 单位
  蚌埠医学院