基于数据挖掘分析同源盒基因C9在胃癌中的表达及意义

作者：米阳; 任飞飞; 刘斌; 于泳; 黄煌; 梅璐; 郑鹏远^*

来源：肿瘤基础与临床, 2021, 34(01): 29-35.

• 同源盒基因C9
• 胃癌
• 幽门螺杆菌

目的通过数据挖掘分析同源盒基因C9(HOXC9)在人胃癌中的表达及其意义。方法利用TIMER、Fire Browse数据库分析HOXC9基因在不同肿瘤类型的表达情况;利用Oncomine、基因表达谱数据动态分析(GEPIA)、肿瘤基因组图谱(TCGA)、基因表达汇编(GEO)等数据库分析HOXC9基因在胃癌中的表达;Kaplan-Meier分析HOXC9基因高低表达与胃癌患者预后的关系;Ualcan数据库分析幽门螺杆菌感染与HOXC9基因表达的相关性;通过R软件包对HOXC9基因共表达的基因做共聚类微阵列数据分析;最后对胃癌中与HOXC9表达正相关的基因进行基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。结果 TIMER、Fire Browse数据库的数据均提示HOXC9基因在绝大多数肿瘤组织中均有高表达趋势。Oncomine数据库中胃癌组织中HOXC9表达高于正常胃黏膜,并且TCGA、GEO数据库研究得到一致的结果。Kaplan-Meier Plotter数据库中231936-at芯片结果显示,HOXC9高表达组患者远期生存率下降。Ualcan数据库分析发现,幽门螺杆菌感染的胃癌HOXC9基因表达上调。胃癌中与HOXC9共表达的基因有HOXC6、HOXC8、HOXC10、HOXC11、HOXC13、HOTAIR等20个基因。GO分析发现胃癌中HOXC9富集在转录因子活性,与特定DNA序列结合、染色体结合、转录调控、细胞核、混合谱系白血病蛋白1复合体等相关的基因功能上;而KEGG富集分析发现HOXC9富集于钙离子信使通路、环磷酸鸟苷酸依赖性蛋白激酶信号通路、肿瘤的转录失调等9个通路。结论 HOXC9在胃癌组织中呈高表达,与幽门螺杆菌感染相关,高表达患者的预后不良,有望成为胃癌治疗的新靶点。

• 单位
  郑州大学第五附属医院