腺泡状横纹肌肉瘤相关基因生物信息学分析

作者：张汝朋; 吕雷锋; 张晨; 柏传毅; 王坤正; 党晓谦^*

来源：重庆医学, 2019, 48(09): 1552-1555.

DOI：10.3969/j.issn.1671-8348.2019.09.027

• 计算生物学
• 横纹肌肉瘤
• 差异表达基因
• 信号通路

目的采用生物信息学方法预测与腺泡状横纹肌肉瘤(ARMS)相关的差异表达基因和信号通路。方法从基因表达综合数据库GEO中下载得到14组ARMS与正常对照组织产生的系列数据集GSE2787表达谱数据集,依据生物信息学分析方法,采用R语言分析工具筛选差异表达基因。注释、可视化和集成发现的数据库DAVID在线分析工具、R包、已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用STRING数据库及Cytoscape软件对差异表达基因进行基因功能、信号通路及蛋白-蛋白相互作用网络分析。结果共筛选出867个差异表达基因,表达上调基因737个,下调基因130个。蛋白-蛋白相互作用网络由752个节点和5 158个交互组成,网络分析列出蛋白相互作用网络的前35个中心节点蛋白。关键差异表达基因主要涉及RNA拼接等生物学过程、核糖核蛋白复合体等细胞组件、RNA结合等分子功能及剪接体信号通路。结论剪切刺激因子3(CSTF3)、剪接体相关蛋白同源体(CWC25)、Asp-Glu-Ala-Asp解旋酶5(DDX5)等差异表达基因及剪接体信号通路可能与ARMS的发生、发展密切相关。

• 单位
  西安交通大学第二附属医院