细粒棘球绦虫蛋白Actin-binding LIM protein 1的生物信息学分析

作者：钱炳硕; 张婷婷; 王明霞; 朱明星^*

来源：中国病原生物学杂志, 2023, 18(03): 297-302.

DOI：10.13350/j.cjpb.230310

• 细粒棘球绦虫
• 肌动蛋白结合LIM蛋白1
• 生物信息学分析
• 抗原表位

目的 对细粒棘球绦虫肌动蛋白结合LIM蛋白1(Actin-binding LIM protein 1,AbLIM1)进行生物信息学预测，以期为包虫病的诊断治疗积累研究资料。方法 通过NCBI数据库获取EgAbLIM1的氨基酸序列；使用在线软件分析蛋白质的理化性质、二级结构、三级结构，并对其亚细胞定位、蛋白质结构以及抗原表位进行预测；使用GEPIA2.0数据库预测编码EgAbLIM1基因的相关基因，使用DAVID数据库以及R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 EgAbLIM1由753个氨基酸组成，理论等电点为9.51;EgAbLIM1的二级结构中α螺旋占22.05%,延伸链占12.62%,β-转角占5.44%,无规卷曲占59.89%。优势B细胞表位肽有6条，优势HLA-DRB1*0401限制性Th表位位置为572-584位氨基酸；优势HLA-DRB1*0701限制性Th表位位置为247-261、504-511位氨基酸。分子生物学功能相关程度最高的是钙黏连结合(cadherin binding)、参与细胞-细胞粘附的钙黏连结合(cadherin binding involved in cell-cell adhesion)、细胞-细胞粘附介质的活性(cell-cell adhesion mediator activity)等。结论 生物信息学方法预测细粒棘球绦虫AbLIM1含有多个抗原表位并对其关联基因进行了富集分析，为包虫病的诊断和药物治疗靶点筛选提供理论依据。

• 单位
  基础医学院; 宁夏医科大学总医院; 宁夏医科大学