基于高通量测序探索粉尘暴露对巨噬细胞基因表达水平的影响

作者：郭伟; 赵凤玲; 王迪

来源：中国卫生检验杂志, 2019, 29(08): 910-913.

• 纳米二氧化硅
• 巨噬细胞
• 生物信息学

目的分析纳米粉尘暴露的巨噬细胞基因水平改变,明确巨噬细胞参与的相关疾病信号通路及潜在生物标志。方法检索GEO数据库,筛选纳米粉尘暴露的巨噬细胞基因测序芯片,研究纳入基因芯片GSE13005。匹配最新版本基因注释文件后,通过R语言Bioconductor包比对分析差异表达基因,并对巨噬细胞基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析分别进行探索。结果本文共筛选出差异表达基因(Differently Expressed Genes,DEGs)99个,其中91个基因高表达,34个基因低表达。GO分析显示DEGs主要参与平滑肌细胞分裂增殖、细胞脂质应答、p53信号通路、ROS应答、NF-κB信号通路、低氧应答、激酶应答等。经功能富集,GO、KEGG相关功能项可分为14组,病毒细胞周期的负向调节及平滑肌细胞的增值分裂占比较大,提示巨噬细胞染尘后可能主要与相关生物学进程的激活有关。结论巨噬细胞染尘可导致基因表达异常,相关基因主要发挥抑病毒和促纤维化作用。

• 单位
  公共卫生学院; 郑州大学; 河南省职业病防治研究院