近年来随着单细胞测序技术迅速发展，其在人体、动物、植物、肿瘤及病原微生物等领域已经广泛开展研究。与宿主体内的基因突变相似，大多数寄生虫也存在突变，其基因组测序研究多集中在数百万大样本单个虫体细胞中。目前针对改变特定的宿主-寄生虫系统，现已开发出寄生虫单细胞测序方法，此举使得复杂的寄生虫种群中的遗传多样性和亲缘关系得以破译，并能捕获遗传突变的基因序列。本研究以人兽共患的疟原虫和利什曼原虫为例，概述寄生虫单细胞基因组测序的方法和进展，以及这些方法在寄生虫生物学中的应用。
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