从临床呼吸道样本直接扩增人冠状病毒OC43全基因组序列方法研究

作者：张越; 肖艳; 任丽丽; 王健伟

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2014, 28(02): 153-155.

DOI：10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2014.02.028

• 冠状病毒OC43,人
• 序列分析
• 基因

目的针对普通人冠状病毒(human coronavirus,HCoV)基因组较大、难以分离培养的特点,建立无需分离、直接从微量临床呼吸道样本中扩增HCoV-OC43全基因组序列的PCR方法。方法从HCoV-OC43检测阳性的鼻咽洗液样本中提取核酸,用逆转录的方法获得病毒cDNA,根据GenBank中HCoV-OC43序列设计一整套合成扩增引物,根据样本PCR扩增结果进行引物序列和扩增条件的优化,序列测定后进行拼接和序列特点分析。结果建立了基于普通PCR方法的HCoV-OC43全基因组序列扩增体系,利用200μl呼吸道样本可完成全基因组序列的扩增和验证,并成功从60份临床样本中获得40株全基因组序列。结论所建立方法可利用微量呼吸道样本获取HCoV-OC43病毒全基因组序列,为系统分析HCoV-OC43的基因组变异和进化特征提供了简单易行的技术方法。

• 单位
  北京协和医学院; 中国医学科学院病原生物学研究所