全基因组重测序技术揭示蒙古牛无角性状变异

作者：谷明娟; 罗荣松; 高丽; 周新宇; 吴迪; 魏著英; 白春玲; 武云喜; 李光鹏^*

来源：农业生物技术学报, 2020, 28(11): 1960-1969.

• 蒙古牛
• 无角性状
• 全基因组重测序
• SNP
• InDel

在现代养殖业中,牛无角性状对提高动物福利、降低养殖成本有重要意义。本研究提取7头蒙古牛(Bos taurus)基因组DNA(其中3头有角, 4头无角),制备基因组文库,经Illumina HiSeqTM平台测序,利用生物信息学方法对重测序数据进行分析,对识别的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)和插入缺失(insertion/deletions, InDels)进行注释。结果共得到380.88 Gb序列数据,共确定了11 362 382个SNPs和1 150 664个InDels,大部分变异(96%的SNPs和94%的InDels)位于基因间、转录本和内含子区,注释3 768个基因。经过筛选,确定与角发育相关差异基因20个。同时利用SNPs和InDels进行群体分层分析,发现无角性状没有造成蒙古牛的遗传分化。以全基因组重测序数据结合聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)琼脂糖凝胶电泳和Sanger测序结果 ,确定控制蒙古牛无角形状的POLLED位点为P219ID突变型。本研究为进一步研究蒙古牛无角性状的分子机制提供基础数据,为蒙古牛的遗传特性提供有价值的资源。

• 单位
  内蒙古大学