革螨亚目线粒体蛋白编码基因的比较研究

作者：杨慧娟; 杨志华; 陈婷; 董文鸽^*

来源：中国病原生物学杂志, 2022, 17(11): 1303-1314.

DOI：10.13350/j.cjpb.221113

• 革螨亚目
• 线粒体蛋白编码基因
• 比较研究
• 系统发育

目的 分析革螨亚目9科20个物种的13个蛋白编码基因序列。方法 测定革螨亚目寄螨科寄螨属的粪堆寄螨线粒体基因组全序列，结合GenBank中已有的革螨亚目9科19种革螨的线粒体基因组全序列。用Geneious 11.1.5软件抽提20种革螨的13个蛋白编码基因序列，统计蛋白编码基因的碱基组成、起始和终止密码子使用频率。用MEGA X统计蛋白编码基因的信息位点和密码子使用情况。用软件DnaSP 6.0计算蛋白编码基因的非同义替换率(Ka)、同义替换率(Ks)和Ka/Ks值，由此分析每个基因的核苷酸进化速率。用13个蛋白编码基因的排列顺序结构图分析9科20种革螨蛋白编码基因的重排现象。用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建9科20种革螨的系统发育树。结果 革螨亚目线粒体蛋白编码基因的A+T含量为75.0%,nad6的A+T含量最高(82.1%)。以ATN为起始密码子的使用频率明显高于GTG和TTG;在终止密码子使用中，完整的终止密码子TAA和不完整的终止密码子T的使用频率较高，TAG较少使用。对序列信息和进化速率进行分析，cox1基因的保守位点数最多，进化速率最慢；atp8基因的保守位点数最少，但进化速率最快的是cytb基因；nad5基因的变异位点数和简约信息位点数最多。5个蛋白编码基因的Ka/Ks值<1,受到负选择作用。ML和BI系统发育树结果一致，且节点支持率均较高，分支关系为[(寄螨科+土革螨科)+巨螯螨科+(厉螨科+皮刺螨科+瓦螨科+(鼻刺螨科+蠊螨科)+植绥螨科)]。革螨亚目20种革螨中有5种革螨的蛋白编码基因排列顺序保守，有15种革螨的蛋白编码基因排列顺序不保守，其中植绥螨科物种蛋白编码基因重排程度较高。结论 本研究用13个蛋白编码基因序列序列特征探究革螨亚目不同科的系统发生关系，为蜱螨亚纲进化遗传学研究和分子标记选取等提供了参考依据。

• 单位
  大理大学