胃肠道肿瘤是最常见的消化系统恶性肿瘤,主要包括胃癌和结直肠癌。单细胞测序技术在胃肠道肿瘤中运用广泛,主要集中应用于癌前病变、肿瘤来源、肿瘤细胞异质性、免疫治疗、肿瘤微环境和肿瘤转移等,是胃肠道肿瘤研究的有力工具。本文就单细胞测序在胃肠道肿瘤中的应用进展、局限性和未来探索方向进行述评,期望为胃肠道肿瘤的研究、诊断与治疗提供新思路。