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摘要
【目的】S-腺苷甲硫氨酸合成酶(SAMS)、1-氨基环丙烷-1-羧酸合成酶(ACS)和1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶(ACO)是植物合成乙烯的3个关键酶，从全基因组水平鉴定龙眼SAMS、ACS和ACO(Dl SAMS、Dl ACS和Dl ACO)基因家族，并进行生物信息学、体细胞胚早期不同阶段及不同浓度1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)和不同处理时间下龙眼胚性愈伤组织的表达模式分析，为进一步研究和利用Dl SAMS、Dl ACS和Dl ACO基因家族奠定基础。【方法】从拟南芥数据库(TAIR)下载SAMS、ACS和ACO家族蛋白质序列作为参考序列，TBtools、NCBI Blast等工具搜索龙眼基因组数据库，鉴定Dl SAMS、Dl ACS和Dl ACO基因家族。使用Ex PASy、Predi Si、TMHMM Server 2.0、Net Phos 3.1 Server、Plant-PLoc、MEME、Plant CARE、STRING、TBtools等软件和在线工具预测Dl SAMS、Dl ACS和Dl ACO家族成员蛋白质基本理化性质、保守基序(Motif)与互作关系，定位染色体，分析基因共线性与选择压力、基因结构及启动子顺式作用元件；Clustal W和MEGA-X软件对龙眼、拟南芥、番茄、水稻和玉米的SAMS、ACS和ACO家族成员蛋白质序列分别进行多序列比对、构建系统进化树；根据龙眼转录组数据库的FPKM值，应用TBtools软件绘制Dl SAMS、Dl ACS和Dl ACO家族成员在体细胞胚早期不同阶段的表达热图；采用q RT-PCR法分析不同浓度ACC和不同处理时间下龙眼胚性愈伤组织Dl SAMS、Dl ACS和Dl ACO家族成员的表达情况。【结果】龙眼第三代基因组中分别鉴定获得SAMS、ACS和ACO家族成员4个、11个和4个，在家族成员数量上与拟南芥、番茄等物种差异不大。Dl SAMS家族成员最保守，所有成员的Motif相同；Dl ACS和Dl ACO家族成员也含有较多保守的Motif。3个家族共19个成员分布在11条染色体上，有6对共线性基因，与拟南芥有30对共线性基因，均受纯化选择作用。3个家族的成员均含有大量光、激素和逆境响应元件。家族成员内部的蛋白互作关系较弱，但家族成员之间互作关系非常紧密。多物种系统进化关系表明，SAMS、ACS和ACO家族均可分为3个亚家族，Dl SAMS家族成员仅分布在SAMS-Ⅰ和SAMS-Ⅱ中，SAMS-Ⅲ可能为单子叶植物所特有；Dl ACS和Dl ACO家族成员在3个亚族中均有分布，且分布较为均匀；Dl SAMS、Dl ACS和Dl ACO均与番茄和拟南芥的SAMS、ACS和ACO亲缘关系较近。对转录组FPKM值的分析表明，Dl SAMS家族的所有成员以及Dl ACO4B在体细胞胚早期的3个阶段均高表达，可能在体细胞胚发生过程发挥着重要作用；Dl ACS1和Dl ACS6B在球形胚阶段高表达，可能与球形胚的形成密切相关。在胚性愈伤组织继代培养基中添加不同浓度的ACC能显著影响龙眼胚性愈伤组织的增殖量及Dl SAMS、Dl ACS和Dl ACO家族成员的表达。培养20 d时，主要表现为基因的上调表达，且ACC浓度越高，上调越明显；在25—35 d则主要表现为基因的下调表达。但是在20 d时，0.01 mmol·L-1 ACC处理的基因主要表现为下调表达，这可能是导致其增殖量显著大于对照的原因。【结论】龙眼第三代基因组中分别有SAMS、ACS和ACO家族成员4个、11个和4个，在进化过程中的保守性均较高，且包含大量激素和逆境响应元件；3个家族成员对龙眼体细胞胚胎的发生起重要调控作用，0.01 mmol·L-1 ACC处理可能通过调控Dl SAMS、Dl ACS和Dl ACO家族成员的表达促进龙眼胚性愈伤组织增殖。
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