Pathway Hunter Tool在代谢途径分析中的应用

作者：丁德武; 丁彦蕊; 蔡宇杰; 陈守文; 须文波

来源：计算机与应用化学, 2008, (01): 81-84.

DOI：10.16866/j.com.app.chem2008.01.019

• 代谢途径
• 最短路径
• 平均路径长度
• 平均节点连接度 metabolic pathway
• the shortest path
• average path length
• average degree

随着重建的基因组规模代谢网络越来越多,自动化的生物化学途径分析方法显得越来越重要,已经有多种基于此的途径分析工具开发出来了。其中,Pathway Hunter Tool(PHT)是主要用于分析代谢网络的最短路径、代谢物和酶负载点和瓶颈.以及计算相关统计学数据(如平均路径长度、平均节点连接度等)的工具。本文首先简介PHT,随后用它分析E.coli K-12 MG1655代谢网络中a-D-葡萄糖和丙酮酸之间的最短路径及其代谢网络的瓶颈,最后计算4种典型生物的平均路径长度、平均节点连接度以及它们代谢网络中节点连接度最高的10种代谢物。结果表明它的分析与计算快速、准确,加之其用户界面友好、便于操作,因...

• 单位
  生物工程学院; 农业微生物学国家重点实验室; 华中农业大学; 江南大学; 工业生物技术教育部重点实验室