基于芯片数据估计不同方法对槐猪近交系数的影响

作者：韩云珍; 阳文攀; 洪渊; 龙毅; 刘相杰; 范小萍; 李文静; 邓政; 刘鸣慧; 郑素梅; 阮国荣^*; 丁能水^*

来源：畜牧兽医学报, 2023, 54(03): 947-955.

• 槐猪
• 基因芯片
• 近交系数
• 相关性

旨在选取适用的方法评估槐猪群体的近交情况。本试验采用“中芯一号”育种芯片分别计算Fhom1、Fhom2、Fvan1、Fvan2和Fyang来进行247头槐猪(300日龄)个体近交系数的估计，探究SNP数目对近交估计值的影响以及不同估计方法之间的相关性。结果发现，随着SNP数目增加，近交系数Fhom1、Fhom2、Fvan1和Fyang的极差逐渐减少，当SNP数目达到10 000时近交系数趋于稳定，与质控后的31 545个SNPs计算的近交系数接近。Fhom1、Fhom2、Fvan1、Fvan2和Fyang的值分别为-0.216 5～0.344 0、-0.354 8～0.321 7、-0.322 8～0.892 1、-0.243 6～0.790 9、-0.189 4～0.543 3。Froh1和Froh2的值分别为0.008 7～0.406 9和0.002 2～0.402 4。通过比较不同基因组近交系数Person相关与Spearman秩相关可知，Fhom1与Fhom2、Froh1、Froh5间有较强的正相关；Fvan2与Fvan1、Fyang间有较强的正相关；Froh1与Froh5间有较强的正相关；而Fhom2与Fvan1、Fvan2呈负相关。由于Froh的取值范围在0～1之间，与系谱近交系数相同，符合近交系数评估习惯；同时，Froh同Fhom、Fvan、Fyang等基因组近交系数评估方式有着一定的正相关，适用度高。SNP密度影响近交系数的评估，其数目与密度充足时，采用Froh进行基因组近交系数评估较为适宜，这可为评估地方猪的近交水平、防止近交衰退、优化选种选配方案提供有利的技术手段。

• 单位
  福建傲农生物科技集团股份有限公司; 江西农业大学; 福建农业职业技术学院