广西边境地区与非边境地区结核分枝杆菌基因组学分析

作者：叶婧; 周崇兴; 林玫; 先晓敏; 梁小烟; 张影坤; 蓝如束; 崔哲哲^*

来源：热带病与寄生虫学, 2023, 21(02): 82-87.

• 结核分枝杆菌
• 全基因组测序
• 基因分型
• 谱系
• 耐药基因突变
• 广西

目的 分析广西边境地区和非边境地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因型和耐药相关基因的分布特征。方法 收集2015—2017年广西五个地区的结核病定点医疗机构的患者痰液标本，对边境地区(边境组)和非边境地区(非边境组)的MTB分离培养株进行对比研究。采用二代全基因组高通量测序技术对菌株进行基因分型，鉴定MTB菌株谱系，收集MTB耐药基因的变化信息。结果 研究共纳入646株菌株。边境组199株，其中Lineage 1有8株(占4.02%),Lineage 2有126株(占63.32%),Lineage 3有1株(占0.01%),Lineage4有64株(占32.16%)；非边境组447株，其中Lineage1有4株(占0.89%),Lineage 2有299株(占66.89%),Lineage4有144株(占32.21%),Lineage 3未见。边境组与非边境组基因型构成差异有统计学意义(χ2=9.754,P<0.05)。其中Lineage 1和Lineage 4.2基因型在边境组和非边境组的分布差异有统计学意义(χ2=5.763、4.833,P均<0.05)。有196株MTB分离株发生了耐药相关基因突变，其中边境组突变率(40.70%,81/199)高于非边境组(25.73%,115/447)(χ2=14.613,P<0.05)。突变率前5的耐药基因依次是kat G(15.94%,103/646)、rop B(11.30%,73/646)、emb B(6.04%,39/646)、rps L(5.88%,38/646)和rrs L(3.72%,24/646)。其中kat G、rop B、rps L基因在边境组的突变率均高于非边境组(χ2=5.716、9.603、6.979,P均<0.05)，对应的kat G315、rpo B450、rps L43基因位点在边境组与非边境组的分布差异也均具有统计学意义(χ2=5.153、12.893、11.693,P均<0.05)。结论 广西MTB菌株出现Lineage 1和Lineage 3谱系，可能从邻国传入，需要进一步研究。广西耐药相关基因位点突变的分布与MTB基因型构成有一定的相关性。

• 单位
  公共卫生学院; 广西壮族自治区疾病预防控制中心; 广西壮族自治区江滨医院; 贵州医科大学