四川省首株盖塔病毒SC1210的鉴定

作者：李伟; 潘明; 周兴余; 林世华; 刘学成; 付士红; 陈丹林; 曹一欧; 梁国栋; 张佳珂

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2017, 31(01): 2-7.

DOI：10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2017.01.001

• 盖塔病毒
• 衣壳蛋白基因
• E2蛋白基因
• 3’非翻译区
• 核苷酸序列

目的对四川省从蚊虫分离到的病毒SC1210进行鉴定并分析其基因组特征。方法利用披膜病毒科甲病毒属特异性引物进行RT-PCR鉴定,并采用二代测序平台Ion Torrent PGM进行基因组全序列测定,然后利用Mega Align软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,利用Mega 6软件绘制系统发生树。结果 SC1210为盖塔病毒(Getah virus,GETV),该株病毒基因组全长11 690nt,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为99.2%-99.7%,氨基酸同源性为96.5%-99.4%。衣壳蛋白全长为804nt,编码268个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.9%-99.2%,氨基酸同源性97%-99.6%。E2基因全长1 266 nt,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.6%-99.6,氨基酸同源性为97.1%-99.5%。3’UTR全长402 nt,具有GETV病毒独特的3个完整的重复序列元件和19 nt的保守序列。结论四川省分离到的首株GETV SC1210与云南分离株YN0540亲缘关系较近,而与马来西亚原始株MM2021亲缘关系较远。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 四川省疾病预防控制中心