本发明提供了一种分离获得植物内生菌的方法,是经过植物预处理、表面消毒、内生菌的浸出、内生菌的分离纯化等步骤,本发明方法与一般方法相比,不仅仅利用机械研磨和剪切力使植物内生菌浸出,同时加入表面活性剂和纤维素酶分解植物纤维及植物细胞壁,使植物组织中的内生菌更加充分释放出来,获得更好的植物内生菌分离效果。