甘薯PEBP全基因家族生物信息学分析

作者：何锐杰; 杨航; 李丽; 李晓慧; 李云^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-19.

• 甘薯
• 磷脂酰乙醇胺结合蛋白
• 基因家族
• 生物信息学

为系统鉴定甘薯磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP)家族，本研究利用PEBP蛋白的HMM模型在六倍体甘薯Ipomoeabatatas和二倍体甘薯野生近缘种Ipomoeatrifida和Ipomoeatriloba中分别鉴定出13、10和11个PEBP家族成员，并利用HUMMER、TBtools、EXPASy、MEGA11、MEME和MCScanX、HISAT2和StringTie等软件或网站对其氨基酸与碱基序列进行生物信息学分析。结果显示各甘薯种PEBP家族成员都可分为3个亚簇，且具有相似的基序、家族特征和分布模式。共线性分析结果显示Ipomoea trifida和Ipomoea triloba具有极为相近的亲缘关系，而Ipomoea batatas相对较远。转录组数据显示ItfPEBP4、ItfPEBP8和ItbPEBP2在叶片中显著表达；IbPEBP13在根部发育初期大量表达，表达量随着根部发育而逐步下调；ItfPEBP1在生物胁迫和甘露醇干旱胁迫处理中显著表达；ItbPEBP1在苯并噻二唑和甘露醇干旱胁迫处理中显著表达；其余PEBP家族成员在不同部位或不同胁迫下微量表达或者不表达。本研究结果可为深入研究不同甘薯种PEBP基因家族的表达模式与生物学功能提供前期理论基础。

• 单位
  江苏师范大学; 贵州省农科院; 生命科学学院