基于全基因组测序及平均核苷酸一致性分析鉴定1株哥伦比亚分枝杆菌

作者：蔡兴龙; 耿林玉; 纪玥玥; 贾佳; 高硕; 周万青^*

来源：临床检验杂志, 2022, 40(08): 612-614.

DOI：10.13602/j.cnki.jcls.2022.08.11

• 哥伦比亚分枝杆菌
• 系统性红斑狼疮
• 全基因组测序
• 平均核苷酸一致性

目的 通过全基因组测序技术结合平均核苷酸一致性分析鉴定1株哥伦比亚分枝杆菌。方法 1株分离自系统性红斑狼疮患者皮肤溃疡处的分枝杆菌，经抗酸染色初步鉴定、常规细菌培养获得菌株，采用质谱技术进行菌种鉴定，对分离菌株进行DNA提取和全基因组测序及生物信息分析。结果 皮肤溃疡分泌物标本直接涂片抗酸染色呈阳性；分泌物经7 d培养可见细小菌落(编号MC230),抗酸染色阳性；质谱鉴定未获得菌种信息；MC230基因组大小为5 671 138 bp, GC含量为67.93%;MC230与哥伦比亚分枝杆菌模式菌株CECT 3035的平均核苷酸一致性分析(OrthoANI)值为98.05%。结论 全基因组测序技术结合平均核苷酸一致性分析可准确实现哥伦比亚分枝杆菌鉴定。

• 单位
  南京大学医学院附属鼓楼医院