2012年10月至12月,考古工作者对重庆市九龙坡区走马镇慈云寺遗址开展了系统的考古调查,发现有明清时期的寺庙台基(含殿基址及房屋建筑)、围墙、石桥、墓葬、窑址等遗存,确认遗址由寺庙区、墓葬区和窑址区三大部分组成。寺庙区充分利用地势构筑有五进建筑台基,主体区域中轴线上分布有前殿、院落、大雄宝殿、三大士殿及附属建筑;墓葬区由三片集中的墓地构成,埋葬有慈云寺历代住持、长老、僧人及居士;窑址区为慈云寺竹林禅院附属烧窑场。实物及文献资料显示,慈云寺为典型的禅宗寺庙。