中国李品种“秋姬”基因组Survey测序分析

作者：黄振宇; 申飞; 夏乐晗; 陈龙; 陈玉玲^*

来源：中国南方果树, 2020, 49(03): 102-104.

DOI：10.13938/j.issn.1007-1431.20190585

• 李
• 基因组
• Survey测序

中国李是重要的落叶果树之一,具有较高的经济价值与生态价值,但其全基因组信息尚未被解析,限制了相关研究的深入开展。通过二代基因组Survey测序分析,对中国李品种"秋姬"全基因组信息进行初步解析,质控后共获得22.9 Gb高质量数据,经17-mer分析,预估其基因组大小为305.6 Mb,基因组杂合度为0.92%,属于高杂合中型基因组;采用SOAPdenovo软件进行组装,所得Contig N50为440 bp,Scaffold总长约为267 Mb。后续拟用第三代测序技术进行精细组装。

• 单位
  中国农业科学院郑州果树研究所; 北京市农林科学院