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摘要
目的 全基因组测序技术筛选不同类型肺炎链球菌（感染与定植菌株）的分子特征，揭示其致病相关标志物。方法 2015年12月-2021年1月在柳州市妇幼保健院收集儿童的临床常见标本（血液、脑脊液、胸膜液、痰液、鼻窦吸入和耳分泌物等）为感染组。收集2020年10月-12月在佛山市采用整群抽样方法抽取7所幼儿园，开展健康幼儿园儿童的鼻咽拭子采样为定植组。感染菌株为医院感染儿童的临床感染肺炎链球菌，定植菌株为社区健康儿童的鼻咽定植肺炎链球菌。采用全基因测序技术全面检测肺炎链球菌的耐药基因和毒力基因。采用单因素分析（χ2检验）和机器学习方法（随机森林）筛选出儿童肺炎链球菌的致病相关标志物。结果 感染菌株pce、pitA、pitB、sipA、rrgA、rrgB、rrgC、srtG1、srtG2、srtC1、srtC2、srtC3、nanA、nanB、cps4A、cps4B、cps4D和zmpC毒力基因携带率高于定植菌株（P<0.05）;cbipG、pfbA、lytA和lytB基因携带率低于定植菌株（P<0.05）。感染菌株ermC、mefA和msrD耐药基因携带率高于定植菌株（P<0.05）;cat（pC194）基因的携带率低于定植菌株（P<0.05）。随机森林模型筛选出6个致病分子特征（毒力基因pce、rrgA、lytA、lytB和zmpC,耐药基因msrD）,交叉验证准确率为70.11%,曲线下面积（AUC）为0.73。结论 运用随机森林有效筛选肺炎链球菌致病相关标志物，为追溯高致病性传染源和开展精准的靶向干预提供遗传学证据。
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