洋葱转录组SSR信息分析及其多态性研究

作者：李满堂; 张仕林; 邓鹏; 侯喜林; 王建军

来源：园艺学报, 2015, 42(06): 1103-1111.

DOI：10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0046

• 洋葱
• 转录组
• SSR
• 引物
• 多态性

采用生物信息学方法分析洋葱(Allium cepa L.)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为洋葱分子标记辅助育种提供有力工具。利用MISA工具筛选了洋葱转录组测序获得的106 932条unigenes(84.04 Mb),并对其SSR位点信息进行了分析,共筛选得到5 959个SSR位点(占总unigenes的5.10%),其发生频率为1/14.1 kb。SSRs位点中主导类型是以AAG/CTT(占总SSRs的10.20%)为主的三核苷酸重复,占总SSRs的37.27%;其次是单、二核苷酸重复,其出现频率分别为30.91%和24.75%。利用Primer5共设计出5 258对SSR引物。随机选择20对引物进行PCR扩增,其中12对扩增出清晰可重复的条带,9对在24个不同类型洋葱材料中表现出多态性。利用UPGMA作图,将24个洋葱材料分为4类。

• 单位
  农业部; 作物遗传与种质创新国家重点实验室; 南京农业大学