全外显子测序和基于外显子的CNV分析对发育迟缓儿童的诊断价值

作者：铁晓玲; 陈小聪^*; 刘黎礼; 雷海虹; 王琼

来源：国际遗传学杂志, 2022, 45(03): 169-175.

• 全面发育迟缓
• 全外显子测序
• 基因组拷贝数变异

目的评估全外显子测序(whole-exome sequencing, WES)及基于外显子数据的拷贝数变异(copy number variations, CNVs)分析对不明原因发育迟缓儿童的早期诊断价值。方法选取2019年9月至2021年2月于西安市儿童医院康复科就诊的全面发育迟缓(global developmental delay, GDD)患儿为研究对象。对符合纳入标准的102例患儿及父母进行WES检测及外显子数据的CNVs预测, 结合患儿临床表型筛选候选变异。对候选变异利用Sanger测序/CNV-Seq完成验证和家系分离分析, 最终根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)指南完成致病性评估和遗传诊断。结果 102例GDD患儿中检测出与疾病相关的致病性变异32例, 阳性诊断率为31.3%(32/102), 其中单核苷酸变异的阳性诊断率为18.6%, 基于外显子数据CNVs预测的阳性诊断率为12.7%。McNemar检验显示, 两种检测方法的阳性诊断率存在统计学差异(P<0.001)。结论将基于外显子数据的CNVs检测纳入WES检测, 可提高GDD的临床遗传学诊断率, 对不明原因发育迟缓儿童的早期病因诊断具有重要价值。

• 单位
  西安交通大学; 西安市儿童医院