基于全转录组的心力衰竭预测标志物

作者：马伟; 李丹丹; 张常建; 陈伟浩; 熊鸣; 乔媛媛^*; 李军^*

来源：转化医学杂志, 2021, 10(06): 349-353.

DOI：10.3969/j.issn.2095-3097.2021.06.001

• 心力衰竭
• 标志物
• 最优密码子
• 蛋白质氧含量
• 随机森林

目的挖掘基于转录组的预测心力衰竭(heart failure,HF)的标志物。方法本课题组开发了一个基于全转录组的HF预测标志物,整理转录本对应的蛋白质的氧原子含量,然后计算转录本蛋白质氧原子含量与转录本表达水平的相关性,通过随机森林模型训练预测模型。结果对于训练集,预测模型5折交叉验证的准确率、阳性预测值和阴性预测值分别为83.6%、85.8%和81.5%。训练集的准确率、阳性预测值和阴性预测值分别为77.8%、80.0%和75.0%。在另外一个单独寻找的测试集,准确率、阳性预测值和阴性预测值分别为86.8%、86.7%和87.5%。结论本课题组开发的基于全转录组的HF预测标志物具有非常稳定的预测性能,而且准确率高,可以用于HF预测。

• 单位
  中山大学孙逸仙纪念医院; 解放军总医院