宏基因组学在抗生素抗性基因鉴定中的应用

作者：彭司华^*; 吴智超; 孙丹; 谭双配; 王怡鸣; 文登鑫

来源：基因组学与应用生物学, 2019, 38(09): 4102-4109.

DOI：10.13417/j.gab.038.004102

• 抗生素抗性基因
• 抗生素
• 宏基因组学
• 二代测序

随着宏基因组学技术的不断发展,以及测序成本的下降,基于宏基因组学的抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)鉴定技术逐渐成为主流技术。本综述总结了基于宏基因组学的抗生素抗性基因鉴定的主要技术和方法,详细综述了各种鉴定技术的实现流程,并评述了各种方法的优缺点。本研究认为基于功能宏基因组学方法可以发现现有ARGs数据库没有记录的新的抗生素抗性基因。基于机器学习技术比基于AGRs数据库比对和搜索的软件有更高的敏感性和特异性。基于ARGs数据库搜索的方法优点是操作简单,对于生物信息学技能欠缺的研究者选择在线计算工具也是明智的选择。

• 单位
  上海海洋大学; 生命学院; 国家水生动物病原库; 农业部