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摘要
为了研究蒙农杂种冰草SSR和SNP的分布规律及结构组成，本研究在前期蒙农杂种冰草转录组测序基础上结合MISA软件和GATK软件对转录本中SSR和SNP进行分析。转录组测序共获得110 115条Unigene，总长度为77 247 153 bp，经过位点搜索后共得到5 620个SSR位点，出现频率为5.10%，优势重复类型为单核苷酸重复；A/T和GA/TC是主要的重复基元，出现频率最高。在所有重复次数中，6～10次之间出现的次数是最多的，占所有SSR位点的48.70%；通过GATK软件搜索得到376 264个SNP位点，包括247 605个转换类型和128 659个颠换类型，转换类型是主要的变异类型。分析表明，蒙农杂种冰草转录组中SSR和SNP类型丰富，SNP位点出现频率较高，具有较高的多态性潜力，可以为后续开发蒙农杂种冰草SSR和SNP分子标记以及物种遗传多样性分析提供数据参考。
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