植物同源结构域锌指蛋白5A在肝细胞癌中的表达及其临床意义

作者：谢昌明; 张维志^*

来源：中华实验外科杂志, 2023, 40(10).

• 肝细胞癌
• 植物同源结构域锌指蛋白5A
• 预后
• 生物信息学

目的基于生物信息学方法分析植物同源结构域锌指蛋白5A(PHF5A)在肝细胞癌(肝癌)中的表达及临床意义。方法肿瘤免疫估计资源(TIMER)、UALCAN及临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库分析PHF5A在肝癌中的表达。UALCAN数据库分析PHF5A表达与肝癌临床病理学特征的相关性, 并利用癌症基因组图谱(TCGA)肝癌数据进行二元Logistics回归验证。基因表达谱交互分析(GEPIA)、Kaplan-Meier Plotter数据库分析PHF5A表达与肝癌患者预后的相关性, 通过Cox回归模型评估PHF5A的预后价值并构建列线图预测患者的预后。LinkedOmics数据库分析肝癌中PHF5A的共表达基因, 并进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析, 预测其生物学功能。基因集富集分析(GSEA)探讨PHF5A在肝癌中作用的机制。通过STRING数据库进一步构建PHF5A的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。单样本基因集富集分析(ssGSEA)研究PHF5A表达与肿瘤免疫浸润的关系, TIMER数据库分析PHF5A与免疫检查点基因的相关性。两组PHF5A表达比较采用t检验或秩和检验, 生存分析采用Kaplan-Meier法及Log-rank检验, 采用Cox比例风险回归模型确定PHF5A对预后的价值。结果 UALCAN数据库显示肝癌组织中PHF5A mRNA表达水平升高[癌比癌旁为23.761(18.367, 30.691)比12.462(10.650, 14.983), P<0.001]。CPTAC数据库进一步验证, 肝癌中PHF5A蛋白表达量亦显著高于癌旁[0.006(-0.680, 0.577)比-1.990(-2.582, -1.477), P<0.001]。PHF5A与肝癌患者临床分期(Ⅰ期比Ⅲ期)、组织学分级(G1比G3, G1比G4, G2比G3)显著正相关(P<0.05);Logistics回归分析显示, PHF5A与临床分期、组织学分级、T分期以及甲胎蛋白(AFP)水平显著相关[比值比(OR)=1.426、2.279、1.409、2.335, P<0.05]。GEPIA数据库显示PHF5A高表达组总生存期(OS)及无病生存期(DFS)更短[风险比(HR)=1.700, 1.400, P<0.05];Kaplan-Meier Plotter数据库显示PHF5A高表达组OS、无进展生存期(PFS)、无复发生存期(RFS)、疾病特异性生存期(DSS)更短(HR=1.720、1.480、1.460、2.280, P<0.05)。多因素Cox分析结果显示, PHF5A是肝癌患者OS及PFS较短的独立危险因素(HR=1.928、2.272, P<0.01)。GO、KEGG富集分析结果显示PHF5A与RNA的剪接及加工、细胞周期、细胞分裂、正调控转录等显著相关(P<0.05)。GSEA富集分析结果显示PHF5A基因显著富集于剪接体、RNA降解、G2M检查点、细胞周期等信号通路(P<0.001)。ssGSEA分析表明PHF5A表达与肝癌组织中包括辅助型T细胞2、浆细胞样树突状细胞、细胞毒性细胞在内的多种免疫细胞浸润相关[相关系数(cor)=0.367, -0.278, -0.289, P<0.001]。PHF5A表达与常见的免疫检查点分子标志物PD1、PDL1、CTLA4、LAG3显著正相关(cor=0.246、0.267、0.273、0.168, P<0.01)。结论 PHF5A在肝癌中高表达并提示预后不良, 可能与异常的选择性剪接及抑制性免疫微环境相关。

• 单位
  哈尔滨医科大学附属第一医院