凝结芽孢杆菌次级代谢挖掘与泛基因组分析

作者：钱文江; 汪步青; 李葳茜; 杨雪苗; 刘洪伟^*; 张丽萍^*

来源：生物技术通报, 2020, 36(10): 88-98.

DOI：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2020-0097

• 凝结芽孢杆菌
• 泛基因组
• 次级代谢基因簇

为进一步加深对凝结芽孢杆菌基因组的了解,同时探索其次级代谢通路。从NCBI数据库中获得33个凝结芽孢杆菌的基因组,利用泛基因组分析软件和次级代谢产物挖掘软件对其进行分析。得到33株凝结芽孢杆菌的基因组大小在2.059 47-3.694 84 Mbp之间,GC含量范围为46.2%-47.5%。对11株有完整基因组的凝结芽孢杆菌进行泛基因组分析,发现其泛基因组含有5 899个基因家族,核心基因组由2 152个基因家族组成,并鉴定出2 255个特有基因。通过次级代谢产物合成基因簇分析,33个凝结芽孢杆菌基因组中发现有8类、79个次级代谢基因簇,主要的合成基因簇是细菌素、内酯和糖类。通过本研究预测出凝结芽孢杆菌的泛基因组和核心基因组大小及其次级代谢产物,有助于了解凝结芽孢杆菌,更好地利用该菌株提供相关信息。

• 单位
  河北省科学院生物研究所; 河北工业大学