基于WGCNA的谷子苗期冷胁迫应答基因网络构建与核心因子发掘

作者：张会; 王越越; 赵波; 张丽玲; 郄倩茹; 韩渊怀; 李旭凯^*

来源：中国农业科技导报, 2023, 25(10): 22-34.

DOI：10.13304/j.nykjdb.2023.0108

• 谷子
• 冷胁迫
• 加权基因共表达网络

研究植物响应低温胁迫的分子基础及选育与种植耐冷作物品种对于保障粮食安全具有重要的现实意义，但目前谷子（Setaria italica）耐冷相关研究比较匮乏。为深入研究谷子苗期响应低温胁迫的分子机制，利用谷子33份不同发育阶段和不同冷处理时间的RNA-Seq数据，筛选获得32 017个高表达基因并构建基因表达矩阵。利用R软件的WGCNA包构建共表达网络，进一步将网络划分为44个模块，发现谷子冷胁迫应答基因分布于多个模块中。选取包含冷胁迫基因数目排名前3的模块进一步分析，对预测到的靶基因进行GO富集分析，并对此3个模块进行基因调控网络的构建及核心基因注释，发现大多候选基因与非生物胁迫响应相关。以上结果为谷子抗逆研究提供了新思路，发掘的冷胁迫关键基因为谷子耐冷新品种选育提供了基因资源。

• 单位
  生命科学学院; 山西农业大学