基于基因组序列的副溶血弧菌两种分型方法比较研究

作者：张景山; 赵文轩; 陈美玲; 杜小莉; 赵林; 王紫鉴; 肖文静; 张巍巍; 赵宏群; 李杰; 刁保卫; 阚飙; 逄波^*

来源：疾病监测, 2021, 36(05): 457-461.

• 副溶血弧菌
• 多位点串联重复序列分析
• 数目可变串联重复序列
• 单核苷酸多态性
• 全基因组测序
• 分型方法

目的比较基于全基因组测序(WGS)SNP的分型方案和多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方案用于我国副溶血弧菌分子分型的能力,并分析两种方法的优缺点及适用情况。方法选取我国分离的56株副溶血弧菌,使用6个数目可变串联重复序列(VNTR)位点的MLVA方案和基于全基因组序列SNP的方案对这些菌株进行分子分型分析,通过量化指标评价这两种方法对我国分离的副溶血弧菌的分型能力。结果 56株副溶血弧菌经MLVA分型,获得31种MLVA型,D值为0.949。对56株副溶血弧菌进行全基因组测序,获得33个差异明显的基因型,D值为0.967。两种分型方法对菌株的分辨能力十分接近,分型结果高度一致。结论 6位点的MLVA分型方案与基于全基因组测序SNP的分型方案具有相似的分型能力,其分型能力稍弱。

• 单位
  中国疾病预防控制中心传染病预防控制所