嗜麦芽窄食单胞菌外膜蛋白OmpA的生物信息学分析

作者：李燕; 赵尊全; 刘鹏; 尚学义; 汤雪萍; 李艳

来源：军事医学, 2017, 41(12): 987-990.

• 嗜麦芽窄食单胞菌
• 外膜蛋白A
• 生物信息学
• 结构
• 功能
• 抗原决定簇

目的对嗜麦芽窄食单胞菌外膜蛋白A(OmpA)的结构和功能进行预测与分析。方法利用生物信息学软件和生物数据库对OmpA蛋白的理化性质、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、二级与三级结构、同源性、保守结构域及抗原决定簇进行预测分析。结果 OmpA蛋白为亲水性蛋白,其122位氨基酸为信号肽序列,无跨膜结构并定位于细胞膜外;二级结构中含无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和β-片层比例分别为50.27%、24.59%、9.29%和15.85%;三级结构预测OmpA蛋白为桶状蛋白;OmpA蛋白在不同嗜麦芽窄食单胞菌株间高度保守,而与人、小鼠的蛋白序列进行比对分析未找到同源序列;OmpA蛋白保守结构域在N端为OM膜通道蛋白超家族,在C端为OmpAC超家族;OmpA蛋白含有11个优势抗原决定簇区域。结论通过对OmpA进行生物信息学分析获得该蛋白的特性,不仅为进一步研究该蛋白的结构与功能提供参考资料,也为研制相关亚单位疫苗提供理论依据。

• 单位
  病原微生物生物安全国家重点实验室; 安徽医科大学