高亚硝酸盐胁迫下日本囊对虾肝胰腺的转录组分析

作者：陈亭君; 栗志民^*; 袁乐; 刘建勇; 梁彩凤

来源：海洋科学进展, 2022, 40(02): 287-306.

• 日本囊对虾
• 转录组
• 高亚硝酸盐胁迫
• 荧光定量PCR(qRT-PCR)
• 差异基因表达

为研究日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)耐高亚硝酸盐的分子调控机制，利用新一代高通量Illumina测序技术，对日本囊对虾在高亚硝酸盐胁迫下的肝胰腺进行转录组测序，通过对高质量序列的拼接组装以及功能基因的注释和分类，发掘与耐高亚硝酸盐相关性状的候选基因。实验结果表明：(1)10个文库共获得920 785 608个净读本，数据量为6.48G～7.34G。(2)Q30>93.07%。利用Trinity软件组装后获得46 308条单基因簇，N50为1 833 bp。(3)与对照组相比，高亚硝酸盐组分别识别出593、606、1 089、497和988个差异表达基因。(4)对DEGs进行功能注释，得到与免疫和代谢相关的通路和基因。(5)采用qPCR对随机选择的9个差异基因(DPD、ABCH、ProPOb、ACADL、CYP2J、PAT4、BHMT、CLEC和PEPCK)在高亚硝酸盐胁迫下的表达情况进行检测，其表达量与转录组测序技术(RNA Sequencing, RNA-seq)趋势一致。本研究结果丰富了对虾cDNA数据库的信息，为日本囊对虾在高亚硝酸盐胁迫下的分子机制研究奠定了基础。

• 单位
  广东海洋大学