近年来,全国上下对科技领域“放管服”改革十分重视,科研经费“包干制”作为创新科研经费管理模式的具体措施,得到广大科研人员的认可,但是高校作为科研经费主力军,在“包干制”政策落地尚有些亟待解决的问题。本文基于委托代理理论和柔性化管理理念指出科研经费“包干制”实施的必要性,结合我国目前科研经费“包干制”实施的政策背景及落实情况,提出科研项目分类实施“包干制”的范围,针对高校在实施“包干制”过程中普遍存在的困难,探究高校科研经费“包干制”管理模式的实施路径。