钟芳与王阳明相交颇深,在与罗钦顺、吕柟的书信中反复论及王阳明的学说。在这些书信及为王阳明作的祭文中,钟芳对王阳明学说“置之不与辨”的态度及借用“知行合一”言辞的举措让人误以为钟芳是程朱理学和阳明心学的调和论者,甚至是阳明心学的崇尚者。钟芳虽说“不辨”,实则多次表达对王阳明舍弃博学格物功夫及“致良知”学说的不赞同。钟芳“知以利行,行以践知”的观念与王阳明的“知行合一”也大相径庭。钟芳始终是坚定的程朱理学者。