科研之友
微信
新浪微博
Facebook
分享链接
摘要
为了探究高海拔斑头雁迁徙至低海拔环境后肝脏差异表达基因和差异代谢通路的变化,试验基于Illumina NovaSeq 6000测序平台,对低海拔组与高海拔组斑头雁肝脏组织进行转录组测序,分析差异表达基因,利用实时荧光定量PCR方法对部分差异表达基因进行验证,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路分析。结果表明:转录组测序共获得373 775 616条原始序列,上传至SRA数据序,登录号为PRJNA682510。转录组测序数据质量值较高,样品间重复性极好。筛选出高低海拔斑头雁肝脏差异表达基因198个,其中上调差异表达基因89个,下调差异表达基因109个。随机挑选9个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,其表达规律与转录组测序结果一致。经GO功能注释后发现29个显著性GO富集条目,生物过程有10个显著富集条目,涉及代谢过程及氧化还原过程等;细胞组成有6个显著富集条目,涉及细胞外空间及超分子复合体等;分子功能有13个显著富集条目,涉及离子结合、氧化还原酶活性、血红素结合等。注释到13条显著性KEGG通路,涉及到氨基糖和核苷糖代谢、钙离子信号通路、类固醇激素生物合成等物质代谢以及细胞信号通路。说明高海拔条件下繁殖与生长的斑头雁迁徙至低海拔环境后,肝脏组织的基因表达发生了变化。
- 单位
