亚洲棉Argonaute蛋白家族的生物信息学预测与分析

作者：蔡娟; 商海红; 李伟杰; 王中娜; 宋威武; 张震; 巩万奎; 刘爱英; 陈婷婷; 李俊文; 龚举武; 石玉真; 葛群; 刘世尧; 袁有禄

来源：西北农林科技大学学报(自然科学版), 2017, 45(01): 61-82.

DOI：10.13207/j.cnki.jnwafu.2017.01.009

• 亚洲棉
• AGO
• 生物信息学

【目的】在全基因组水平上鉴定亚洲棉(Gossypium arboretum L.)AGO蛋白家族成员,分析其进化关系,为亚洲棉遗传改良提供基因资源。【方法】用AGO蛋白保守域在亚洲棉基因组数据库中进行同源比对,并对AGO蛋白家族的进化关系、基因结构、结构域、染色体定位、三级结构及表达模式等进行生物信息学分析。【结果】从亚洲棉蛋白数据库中共鉴定出11个AGO蛋白家族成员,其编码区长度为2 9499 807bp,定位在6条染色体上,其中第9号染色体上分布有4个基因;11个AGO家族成员分为5个亚族,亚族内各成员间具有很高的保守性;AGO家族成员均具有典型的α-螺旋跨膜结构,属于碱性蛋白;从表达模式看,AGO家族成员在纤维发育不同时期和不同组织中的表达量存在较大差异,其中5个基因在棉纤维次生壁后期高表达,在其他时期表达水平较低,存在组织特异性。【结论】成功鉴定了亚洲棉AGO蛋白家族,明确了其基本结构的进化关系及基因表达特点。

• 单位
  农业部; 棉花生物学国家重点实验室; 西南大学; 中国农业科学院棉花研究所