生物信息学分析姜黄素与非小细胞肺癌预后的关系

作者：崔海涛; 王蕊红; 赵鹏; 赵晓雯; 王晔^*

来源：临床肿瘤学杂志, 2023, 28(10): 881-886.

• 非小细胞肺癌
• 姜黄素
• 铁死亡
• 癌症和肿瘤基因图谱
• 免疫

目的 探讨姜黄素通过调节铁死亡相关基因表达影响非小细胞肺癌(NSCLC)患者预后的作用机制。方法 采用50μmol/L姜黄素和等体积DMSO处理A549细胞24 h后进行转录组测序，对差异表达基因进行富集分析(GSEA)。将富集到的基因集进行蛋白质互作(PPI)分析并同时进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),获得与铁死亡相关基因集和表达水平。采用癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库(https://portal.gdc.cancer.gov),获取NSCLC队列的癌组织与癌旁组织的转录组数据，及对应的临床、预后信息，该数据集共包含1017个患者样本和108个正常样本，与姜黄素处理的细胞转录组数据进行相互验证。结果 WGCNA分析结果显示，brown4模块与PI3K-AKT-mTOR通路具有显著关系，而brown4模块基因和差异表达基因、铁死亡相关基因集分析显示，共23个交集基因。预后分析结果显示ACSL3、BACH1、FTH1、SLC11A2基因与NSCLC患者预后有关，而其在姜黄素处理前后中的表达存在显著差异。免疫浸润分析显示，巨噬细胞浸润水平与ACSL3、BACH1、SLC11A2呈正相关，与FTH1呈负相关。结论 通过整合转录组学及TCGA公共数据库数据，发现姜黄素可通过干预铁死亡相关基因表达改善患者预后。

• 单位
  青岛大学; 青岛市胶州中心医院; 中心实验室; 青岛市中心医院