宁古塔副都统衙门档案主要记载了宁古塔地区的政治、经济开发、地理沿革、八旗事务、交通驿站、民族关系、军事、民俗文化等内容,是研究东北地方历史的宝贵资料。该档案由满汉两种文字书写,按档案的公文性质大致分为发文簿(即行文簿)、收文簿(即来文簿)、呈文簿、契档簿,其在时间、格式、标点及用印上具有独特的特点。