高粱全基因组NRT1基因鉴定、表达与DNA变异分析

作者：郭志强; 梁月秀; 冯凡; 朱立勋; 范佳丽; 姜晓东; 吕晋慧; 张春来^*

来源：激光生物学报, 2021, 30(05): 459-467.

• 高粱
• NRT1
• 基因表达
• 系统进化分析
• DNA变异

硝态氮是旱地植物吸收氮素的主要形式,其吸收与硝酸盐转运蛋白1(NRT1)密切相关。高粱(Sorghum bicolor)较耐贫瘠,对土壤中的氮素吸收和利用效率较高。以拟南芥、水稻的NRT1为基础,通过Blast筛选高粱核酸和蛋白数据库获得SbNRT1基因全长序列,并结合生物信息学方法鉴定出了20个SbNRT1基因,对其进行基因结构、系统进化树、基因表达、选择进化分析,同时对其蛋白质的理化性质、二级和三级结构进行分析。结果显示:SbNRT1分布于SBI-01～SBI-10上(除SBI-08);SbNRT1蛋白质均为疏水性蛋白,绝大多数蛋白质没有信号肽,且亚细胞定位在质膜上;二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,SbNRT1蛋白三级结构与预测一致,可信度均达到93%;SbNRT1存在8个分支,高粱与谷子、玉米的NRT1同源关系更近,且高粱在进化上出现了单双子叶的分化;Sobic.004G193000基因在生育期多个部位表达水平较高,Sobic.001G133900、Sobic.003G295500和Sobic.001G302800在高粱根部受硝酸盐诱导表达,也受铵盐和尿素诱导;高粱种质基因组重测序数据计算的ka/ks值表明,SbNRT1的进化具有纯化效应。该研究结果为进一步探讨高粱氮高效相关基因的功能研究提供了基础。

• 单位
  山西农业大学