小鼠Nr1d1基因生物信息学分析及其慢病毒干扰载体的构建

作者：李雅婷; 张靖; 江海圳; 高登科; 李超; 靳亚平; 陈华涛^*

来源：江西农业大学学报, 2022, 44(01): 186-197.

DOI：10.13836/j.jjau.2022020

• NR1D1
• 慢病毒载体
• RNA干扰
• 生物信息学

【目的】研究旨在分析小鼠Nr1d1基因序列信息及其所编码蛋白的结构和功能,构建并筛选出干扰效率最优的小鼠Nr1d1基因慢病毒干扰载体。【方法】对小鼠Nr1d1核苷酸序列和氨基酸序列进行生物信息学分析;设计合成4对小鼠Nr1d1基因的特异性shRNA序列和1对无义序列;分别将它们连接至pCD513B-U6慢病毒干扰载体上构建重组质粒,通过PCR及测序鉴定,分别将鉴定正确的重组质粒命名为pCD513B-U6-shRNA-Nr1d1-1(sh1)、pCD513B-U6-shRNA-Nr1d1-2(sh2)、pCD513B-U6-shRNA-Nr1d1-3(sh3)、pCD513B-U6-shRNANr1d1-4(sh4)和pCD513B-U6-shRNA-Nr1d1-NC(shn);将重组质粒和辅助包装质粒共转染至HEK293T细胞中,收毒后将病毒颗粒感染小鼠胚胎成纤维细胞(NIH3T3细胞);使用荧光显微镜观察HEK293T细胞和NIH3T3细胞中的绿色荧光蛋白表达情况;Western Blotting检测并筛选出干扰效率最佳的载体。【结果】小鼠Nr1d1基因编码区序列全长1 848 bp,编码615个氨基酸,其中丝氨酸含量最高(14.0%),色氨酸含量最低(0.5%);小鼠Nr1d1基因核苷酸序列与大鼠、人及黑猩猩的相似性分别为94.8%、90.0%和90.0%;NR1D1蛋白可能与ARNTL、NCOR1和NPAS2等蛋白发生相互作用。成功构建4个小鼠Nr1d1基因的慢病毒干扰载体,将它们转染至HEK293T细胞后观察到绿色荧光蛋白表达;将病毒颗粒感染NIH3T3细胞后观察到绿色荧光蛋白表达;与对照组shn相比,慢病毒干扰载体sh2、sh3、sh4均能有效下调NR1D1蛋白的表达,且sh3的干扰效率最高。【结论】研究成功构建了小鼠Nr1d1基因的慢病毒干扰载体,筛选验证了其在NIH3T3细胞中的干扰效率,并对小鼠Nr1d1基因及其编码蛋白进行了生物信息学分析,为进一步研究小鼠Nr1d1基因的生物学功能提供了前期理论基础和关键材料支撑。

• 单位
  西北农林科技大学